1965年　6月 創業者山本高恵が東淀川区十三本町（現在の本店）に「お好み焼・やまもと」を開業。
1968年　6月 「やまもと」のメニューに従来賄い食だった「ねぎ焼」を正式メニューに取り入れた。
1979年　5月 店舗がビル化されるのを機に、「お好み焼・やまもと」を法人化し「有限会社やまもと」を設立。
1994年　5月 かねて、商標登録出願中の「ねぎ焼」とマスコットマーク「ねぎ3姉妹」が公告・査定を終え権利を取得。
1994年　12月 本店から徒歩3分の地に「ねぎ焼・やまもと西店」を開業。
1997年　7月 代表取締役の山本高恵が取締役会長に、取締役　山本美徳が代表取締役にそれぞれ就任。
2000年　12月 (株)博報堂様と、当社の登録商標「ねぎ焼」の使用許諾契約を結ぶ。（「キリン一番搾り」のキャンペーン）
2001年　1月 「キリン一番搾り」CMに「ねぎ焼」が取り上げられ、テレビCM・ポスター・インターネット等に流れた。
2002年　5月 ヱスビー食品(株)様と登録商標「ねぎ焼」の使用許諾契約締結。「S&B　ねぎ焼味ポテトチップ」が同社から発売。
2002年　7月 西栄ビルに「ねぎ焼やまもと調理部」を新設し食材の仕入れと調理を集約した。
2002年　9月 「本店」を全面改装、内外装、厨房設備、鉄板、カウンター等を一新。
2004年　4月 お好みフーズ(株)様と登録商標「ねぎ焼」の使用許諾契約を締結。
新発売する「ねぎ入りお好み焼材料の詰め合わせ」に使用される事になった。
2004年　5月 大阪、梅田「エスト-1」商店街に、新店を開店。
「ねぎ焼やまもと梅田・エスト-ワン店」として5月21日から営業を開始した。
併せて、「西店」を一時休店とした。
2005年　4月 一時休店中の「西店」を全面改装、リニューアルオープンさせ3店舗体制となった。
2005年　9月 調理部を独立させ「(有)やまもとフードサービス」を設立。
「本店」が入居中の「福居ビル」を買収。
2006年　3月 大阪、梅田「エスト-1」のリニューアルに伴い、商店街名変更のため「ねぎ焼やまもと梅田エスト店」に改称。
2006年　7月 MBS（毎日放送）主催「オーサカキング2006」のイベントに「魔法のレストラン」ブースの協賛店として出店し、好評を得る。
2007年　1月 「本店」「西店」定休日変更。
従来の日曜祝日から第2・4水曜日にし「梅田店」と統一した。
2007年　1月 当店のロゴ（ねぎ3姉妹）を用いた携帯ストラップの販売を開始した。
2007年　1月 ジャパンフリトレー（株）様と登録商標「ねぎ焼」の使用許諾契約を締結し、「ねぎ焼味コーンチップス」が同社から発売。
2008年　6月 大阪、福島の堂島クロスウォークに、新店を開店。
「ねぎ焼やまもと福島ほたるまち店」として、6月26日から営業を開始した。
2011年　9月 JR新大阪駅新幹線改札内に新店を開店。
「ねぎ焼やまもと新大阪店」として初のフードコート形式にて9月29日から営業を開始。
2012年　7月 梅田エスト店増床による改装。
同時に店頭でのたこ焼き販売を30年ぶりに復活。
2014年　1月 社名を「有限会社やまもと」から、「株式会社ねぎ焼やまもと」へ改称。
2014年　4月 「有限会社やまもとフードサービス」を吸収し、「株式会社ねぎ焼やまもと」の調理部（セントラルキッチン）とした。
2020年　3月 福島ほたるまち店　テナント契約満了につき閉店
2020年　9月 西店を改装し新ブランド『ねぎ焼やまもと　やきそば亭』を開店
2021年　10月 代表取締役の山本美徳が取締役会長に、取締役の山本竜太が代表取締役にそれぞれ就任